国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第三条第一款规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。第二款规定，凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
针对上述规定，房地产开发企业应注意以下几点：
第一，国税函[2010]220号文件规定，税前扣除的金融机构利息费用不能超过商业银行同类同期贷款利率，那么，何为“同类同期贷款利率”？“同类同期贷款利率”是否是基准利率？国家税务总局《关于企业贷款支付利息税前扣除标准的批复》（国税函[2003]1114号）指出，按照中国人民银行规定，金融机构贷款利率包括基准利率和浮动利率，因此，金融机构同类同期贷款利率包括中国人民银行规定的基准利率和浮动利率。需要注意的是，国税函[2003]1114号文件当时是针对企业所得税税前扣除作出的规定。从2004年10月29日起，中国人民银行决定进一步放宽金融机构贷款利率浮动区间，金融机构（不含城乡信用社）的贷款利率原则上不再设定上限，所以，“同类同期贷款利率”并非基准利率。在当前对房地产业宏观调控的大背景下，不排除开发企业从金融机构融通资金的利率显著偏高的情况，而国家对浮动利率又未设定统一标准和上限，故在实务操作中，如何把握“同类同期贷款利率”，需要关注主管税务机关执行政策的口径。
第二，国税函[2010]220号文件规定的扣除比例都是5%“以内”或者10%“以内”，后文中又要求“上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行”。因此，开发企业应注意所在省份规定的具体扣除比例。
第三，在目前对开发企业限制放贷的情况下，如果开发企业的资金全部来源于非金融机构借款的，通常利率较高，利息支出较大，而在土地增值税清算时，只能按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内扣除，可能导致实际发生的利息费用超限额的问题。这是房地产开发企业筹划融资结构时应考虑的问题。
第四，开发项目全部使用自有资金，没有利息支出的，开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。这一规定对于开发企业而言是相对有利的。例如合作建房项目，如果开发企业提供土地使用权，合作方（投资方）提供合作资金，《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）规定，开发企业不得在税前列支支付给合作方（投资方）的利息。事实上，既然是合作建房，合作双方对合作项目是利益共享、风险共担的，它不同于到期固定还本付息的借贷资金行为，开发企业也不应向合作方（投资方）支付固定利息。在此情况下，合作方（投资方）注入的资金如果是通过其他渠道融入的，相应的资金成本将无法反映到开发企业的账面。国税函[2010]220号文件规定的扣除比例在一定程度上有利于客观反映土地增值额，合理减轻开发企业的税收负担。假定某省规定凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用的扣除比例统一为10%。在开发企业大量使用自有资金或合作建房资金的情况下，即使账面较少出现利息费用，也可以按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%扣除开发费用。
值得注意的是，一些房地产开发企业习惯于从母公司或其他关联企业借入资金挂作“其他应付款”等而不实际结算利息，对于母公司或关联企业而言，主管税务机关事后往往要求该关联资金融通交易必须结算利息并补缴税款，从而产生税收风险。所以，开发企业应注意按照独立交易原则与关联方及时结算利息费用。
此外，国税函[2010]220号文件第三条规定，房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条第一款、第二款所述两种办法。据此规定，如果开发企业存在多种渠道、来源的借款，不可将从金融机构取得的借款费用据实扣除，同时又将其他渠道的借款费用与其他开发费用一并按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除，而只能在国税函[2010]220号文件第三条第一款、第二款所述两种办法中选择一种确定扣除金额。
例如：某开发项目取得土地使用权成本为20000万元，开发成本10000万元，其中，“开发成本——开发间接费用”中列支利息支出200万元。项目开发期间的“财务费用——利息支出”为100万元，其中向关联企业借入资金的利息支出为60万元，借款利率不超过同期同类银行贷款利率。假定该开发项目所在省规定的开发费用计算扣除比例分别两种情况为5%或10%。
由于利息支出不能作为开发成本直接扣除，也不允许加计扣除，故可以作为土地增值税扣除项目的开发成本为10000－200＝9800（万元）。
按照第一种方法计算可扣除开发费用为（200＋100－60）＋（20000＋10000－200）×5%＝1730（万元）；按照第二种方法计算可扣除开发费用为（20000＋10000－200）×10%＝2980（万元）。
国税函[2010]220号文件规定开发企业不得同时使用上述两种方法，即不得将可扣除的开发费用计算为（200＋100－60）＋（20000＋10000－200）×10%＝3220（万元）。不过，国税函[2010]220号文件及之前的税收法规中均未限定开发企业在前述两种方法中选择哪一种，也没有规定孰低原则，故开发企业在纳税筹划时，可以用不能全部提供金融机构利息证明为事实依据，与主管税务机关确认后，采取上述第二种方法进行土地增值税开发费用的计算扣除，从而实现较好的筹划结果。
土地增值税清算时，利息支出无论按哪一种方法扣除，其与企业所得税税前扣除的利息支出不同之处还在于，后者规定开发企业从关联企业借入的资金（债权性投资）不得超过其净资产的两倍，超过部分一般情况下不得在税前扣除，而前者并不存在这一限额规定。
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